Katahati Institute (d/h. Yayasan Katahati) didirikan oleh beberapa komponen masyarakat sipil dengan beragam profesi dari sejumlah kalangan, pemerhati, akademisi dan praktisi. Embrio Katahati Institute sudah terwujud sejak awal 1999, walau pada saat itu terbatas atas upaya mendukung aktivitas di kalangan organisasi masyarakat sipil (OMS) Aceh, baik yang memfokuskan diri kepada persoalan gender, hak asasi manusia maupun perwujudan tata pemerintahan yang bersih. Katahati Institute lahir dari kepedulian terhadap dinamikan Aceh yang terus menerus harus dibenahi akibat konflik politik yang menyebabkan ketidakberdayaan masyarakat sipil.

Secara legal Katahati Institute dicatatkan dengan badan hukum Yayasan pada Notaris Ali Gunawan Istio, SH No. 13 tanggal 22 Juni 2001, akta perubahan No. 77 tanggal 29 November 2007, dengan pengesahan akta pendirian dari Departemen Hukum dan Hak Azasi Manusia Republik Indonesia, No. AHU-161. AHA. 01. 02. tahun 2008 pada tanggal 17 Januari 2008.

Sebagai sebuah organisasi yang berorientasi pada perubahan kami membangun organisasi ini untuk mencapai visi Terwujudnya masyarakat yang sejahtera dan demokratis. Adapun misi yang kami emban untuk mencapai visi tersebut adalah dengan Melakukan kajian dan Advokasi kebijakan publik.

Katahati Institute menyadari sepenuhnya bahwa pencapaian visi dan misi tersebut membutuhkan sebuah kondisi masyarakat yang saling bersinergisitas, Katahati Institute juga sadar, kami hanya bagian kecil dari sebuah mesin yang bergerak secara dinamis. Kemampuan untuk memperbaiki dan melakukan perubahan itu merupakan sebuah upaya berkelanjutan dengan mengedepankan aspek sosialogis, kekuatan lokal, kesetaraan dan keikutsertaan dari berbagai pihak.